Fontanes Verständnis des Realismus ist hier sicherlich sehr wichtig.
Kannste dir unter http://www.fachdidaktik-einecke.de/4_literaturdidaktik/konspekt_zu_fontane_realismus.htm durchlesen falls du das noch nicht kennst.

Ich hab das zwar nie in der Schule gehabt, aber ich würde mal spekulieren, dass Fontane Berlin gewählt hat, da dort sehr viele Menschen gelebt haben (->"Greif nur hinein ins volle Menschenleben") und da er dort am besten die unterschiedlichen Ausprägungen der sozialen Schichten, der Menschen usw. darstellen konnte ("[Der Realismus] umfängt das ganze reiche Leben, das Größte wie das Kleinste").
Abseits davon lebte Fontane auch selbst in Berlin, also war es für ihn sicherlich ohnehin naheliegend die Stadt zu wählen :wink: